I. 背景 | |
Severe acute respiratory syndrome (SARS)于2003年二月在亞洲第一次被報道,繼而傳播到全球十幾個(gè)國家,SARS屬于一種冠狀病毒,是一類(lèi)具有囊膜、基因組為線(xiàn)性單股正鏈的RNA病毒,對應的結構示意圖如下:
根據CDC和WHO的介紹,針對SARS的核酸診斷一般是針對ORF1ab/RdRP(RNA-dependent RNA polymerase)、Gene N、Gene M和Gene E, Gene S更多用于對應藥物和疫苗的開(kāi)發(fā)。NCBI收錄序列為NC_004718.3,全長(cháng)29751bp,基因編碼4個(gè)結構蛋白:S,M,N和E。 試劑盒的檢測限問(wèn)題,是造成假陰性的最大根源,因此針對診斷產(chǎn)品的檢測限,我們需要認真做每款試劑盒的性能評價(jià)。以往針對檢測限的性能評價(jià),一般是選擇體外轉錄的RNA、或者臨床陽(yáng)性病毒來(lái)作為標準品,用于性能評價(jià)。但是兩者都具有很明顯的確定,首先體外轉錄的RNA,一般是很純,單一,不涉及提取,不符合臨床病毒的微環(huán)境,因此必然造成檢測靈敏度被高估,這也是存在高概率假陰性的主要原因;再次臨床陽(yáng)性病毒,即使是滅活的病毒,也是存在很大的生物安全隱患,因此要求實(shí)驗室級別為P3-P4,大部分開(kāi)發(fā)診斷試劑盒單位都不滿(mǎn)足改要求,另外臨床陽(yáng)性病毒也是來(lái)源很有限,不能被穩定供應,反復用于試劑盒的性能評價(jià)。 |
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II.產(chǎn)品描述 | |
有病毒的完整包膜結構,有SARS對應的核酸序列,但是生物安全風(fēng)險較低的假病毒標準品,完美的克服了選擇體外轉錄的RNA、或者臨床陽(yáng)性病毒來(lái)作為標準品的缺點(diǎn),非常適合用于核酸診斷性能評價(jià)的標準品。 構建過(guò)程:SARS基因合成→假病毒包裝→純化→QC檢測(ddPCR) |
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III. 產(chǎn)品介紹 | |
產(chǎn)品名稱(chēng): | SARS-M Pseudovirus Standard Reference |
對應序列(詳情見(jiàn)附錄): |
Gene M(666bp) |
產(chǎn)品規格: | 1ml |
拷貝數: | >1x10e7copies/ml |
生物安全級別: | P2 |
運輸與保存方式: | 干冰運輸,-90 ~ -70°C保存 |
有效期: | |
IV. 產(chǎn)品用途與優(yōu)勢 | |
產(chǎn)品用途: | SARS診斷試劑盒性能評價(jià) |
產(chǎn)品優(yōu)勢: | • SARS的假病毒標準品,區別于以往體外合成的RNA、臨床陽(yáng)性活病毒,完美克服兩者的缺點(diǎn),真正適合用于試劑盒的性能評價(jià),包含檢測限、特異性,重復性等;
• 根據SARS冠狀病毒的特點(diǎn),選取了ORF1ab/RdRP(RNA-dependent RNA polymerase)、Gene E(envelope protein)、Gene N(nucleocapsid phosphoprotein)、Gene M合計4個(gè)區段的序列,用于假病毒的包裝,4個(gè)區段很好的表征了SARS的特征序列; • 科佰生物設計了ddPCR體系的引物、探針序列,可不需要構建標準曲線(xiàn)的前提下完成對假病毒的QC拷貝數檢測,非常準確表征標準品的拷貝數,而且克服了Q-PCR分析CT值的相對判斷標準的不準確性; • 假病毒標準品,無(wú)致病性,可再生,質(zhì)控方法可靠,批次間穩定,可以長(cháng)期穩定制備和供應,而且要求實(shí)驗室生物安全級別為P2,滿(mǎn)足很多單位的安全需求。 |
Ⅴ. 附錄 | |
Gene M: ATGGCAGACAACGGTACTATTACCGTTGAGGAGCTTAAACAACTCCTGGAACAATGGAACCTAGTAATAGGTTTCCTATTCCTAGCCTGGATTATGTTACTACAATTTGCCTATTCTAATCGG AACAGGTTTTTGTACATAATAAAGCTTGTTTTCCTCTGGCTCTTGTGGCCAGTAACACTTGCTTGTTTTGTGCTTGCTGCTGTCTACAGAATTAATTGGGTGACTGGCGGGATTGCGATTGCA ATGGCTTGTATTGTAGGCTTGATGTGGCTTAGCTACTTCGTTGCTTCCTTCAGGCTGTTTGCTCGTACCCGCTCAATGTGGTCATTCAACCCAGAAACAAACATTCTTCTCAATGTGCCTCTC CGGGGGACAATTGTGACCAGACCGCTCATGGAAAGTGAACTTGTCATTGGTGCTGTGATCATTCGTGGTCACTTGCGAATGGCCGGACACTCCCTAGGGCGCTGTGACATTAAGGACCTGCCA AAAGAGATCACTGTGGCTACATCACGAACGCTTTCTTATTACAAATTAGGAGCGTCGCAGCGTGTAGGCACTGATTCAGGTTTTGCTGCATACAACCGCTACCGTATTGGAAACTATAAATTA AATACAGACCACGCCGGTAGCAACGACAATATTGCTTTGCTAGTACAGTAA |